Основным источником о ранней биографии Никона является его житие, написанное иподьяконом Иваном Шушериным вскоре после смерти Никона. Шушерин в молодости попал в услужение к Никону и при нём вырос.
Будущий патриарх родился в мае 1605 года в селе Вельдеманово под Нижним Новгородом (ныне Перевозский район Нижегородской области). 24 мая мальчика крестили и назвали Никитой в честь преподобного Никиты Столпника. Его родителями были крестьяне, отец Мина и мать Мариама. В литературе укоренилось представление, что они — мордва. По свидетельству протопопа Аввакума , выросшего в той же местности, отец Никиты был черемисом, то есть марийцем, а мать — «русалкой» (русской). Сам Никон на соборе 1655 год сказал о себе: «Я русский и сын русского, но мои убеждения и моя вера — греческие». Синодики середины XVII века сообщают имена троих братьев Никиты (Симеон, Никифор и Григорий), деда по отцу Василия и деда по матери Гавриила. Мать Никиты умерла вскоре после его рождения, и заботиться о мальчике взялась некая Ксения. Вскоре отец женился во второй раз. Если верить Шушерину (биографу Никона), мачеха со своими детьми возненавидела Никиту, морила его голодом, избивала и пыталась убить.
Отец отдал мальчика учиться грамоте и Священному Писанию. Но после возвращения домой он стал забывать грамоту, поэтому решил поселиться в каком-нибудь монастыре, чтобы продолжить учёбу. Шушерин сообщает, что Никита ушёл в Макариев-Желтоводский монастырь, где каждый день изучал Писание и проявил необыкновенный интерес к церковному пению, часто оставался ночевать в церкви под колоколом, чтобы не пропустить начало службы. Существует несколько версий того, когда Никита попал в Макариев-Желтоводскую обитель, есть сведения о его пребывании в других монастырях. Вернуться в деревню Никиту заставил его отец, который через посланного человека ложно сообщил сыну о своей и бабушкиной тяжкой болезни или смерти, по разным источникам. Вскоре отец и бабушка умерли.

Молодой царь Алексей Михайлович почитал патриарха Никона, доверял его советам в делах государственного управления, а во время войн с Речью Посполитой (1654—1667) и длительного своего отсутствия оставлял патриарха де-факто во главе правительства. Повелением царя к титулу патриарха «Великий Господин» был добавлен царский титул «Великий Государь».
Патриарх Никон стремился противодействовать тому, что воспринималось им как посягательство гражданского правительства на его юрисдикцию и полномочия. Особенный протест вызвало принятие Соборного уложения 1649 года, умалявшего статус духовенства, ставившего Церковь фактически в подчинение государству. Так, доходы от эксплуатации монастырских вотчин переходили к созданному в рамках Уложения Монастырскому приказу и поступали в государственную казну; мирские суды стали рассматривать дела, относившиеся к ведению судов церковных.
Вследствие сего, а также интриг со стороны части бояр и духовенства, имевших влияние на царя и враждебно настроенных к патриарху Никону, произошло охлаждение отношений между царём и патриархом. 10 (20) июля 1658 года Никон в качестве протеста оставил Москву: не отказавшись от Московской кафедры, он удалился в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, который (наряду с Крестным и Иверским монастырями) сам основал в 1656 году и имел в своей личной собственности.
Однако причиной размолвки патриарха с Алексеем Михайловичем , помимо шагов со стороны последнего, была философская деятельность и самого Никона. Пользовавшийся уважением царя в его ранние годы, когда тот даже называл Никона «великий государь», патриарх разработал концепцию, согласно которой выдвинул тезис «священство выше царства», основанный на том, что ни один светский закон не может быть выше церковного, божественного.
В 1660 году на созванном в Москве Соборе было постановлено лишить Никона архиерейства и даже священства; однако суд не состоялся, так как дело было решено передать на суд восточных патриархов, по совету никоновского монаха-справщика Епифания Славинецкого и архимандрита Полоцкого Богоявленского монастыря Игнатия Иевлевича. Такое же решение вопроса рекомендовал царю впоследствии и бывший епископ Иерусалимской церкви Паисий Лигарид, который не принимал явного участия в Соборе, хотя был приглашён патриархами к тайному совещанию и выступал в роли переводчика для восточных патриархов.
Приглашённые ещё в 1662 году патриархи долгое время не находили возможным прибыть в Москву. Наконец, в ноябре 1666 года открылся поместный собор Русской церкви — Большой Московский собор с участием двух патриархов: Паисия Александрийского и Макария Антиохийского. Оба патриарха на тот момент считались в Константинополе лишёнными кафедр решением Собора в Константинополе (в вину им было вменено долгое отсутствие в своих патриархиях, которое произошло из-за просьбы русского царя Алексея Михайловича посетить Россию и принять участие в Большом Московском соборе), но в Москве известие о том получили уже после суда над Никоном. Кроме того, позднее, по просьбе русского царя Константинопольский патриарх свои решения о лишении кафедр Александрийского и Антиохийского патриархов отменил.
Идеологическая база и документы Соборов 1666—1667 годов, важнейшим предметом рассмотрения которых было окончательное обсуждение неприемлемых для сторонников «старой веры» «никонианских» богослужебных реформ, разрабатывались учёным монахом «латинского» толка Симеоном Полоцким, Паисием Лигаридом и архимандритом Афонского Иверского монастыря Дионисием, проживавшим в Москве с 1655 по 1669 год.
12 (22) декабря 1666 года состоялось третье, заключительное по делу Никона, заседание Собора в Благовещенской церкви Чудова монастыря.
В грамоте, подписанной всеми архиереями Русской поместной церкви Большого Московского собора, а также иерархами (патриархами, митрополитами, архиепископами, епископами) греческих поместных церквей от 12 декабря, указаны преступления, из-за которых Никон извержен из патриаршества и священства судом поместного собора Русской церкви:
1. Никон досадил (обидел) царя, когда оставил паству и удалился в Воскресенский монастырь, лишь по причине, что царский чиновник ударил слугу патриарха.
2. Никон не смирился и не стал каяться, а совершал хиротонии в новом месте, строил новые монастыри, которые назвал «неподобающими словами и суетными именованиями»: Новым Иерусалимом, Голгофою, Вифлеемом, Иорданом, тем самым он ругался божественным и глумился святым, прославляя себя патриархом Нового Иерусалима, похищая разбойнически, и если была бы у него сила, то отнял бы и третью часть царства.
3. Анафематствовал патриархов Паисия и Макария, приехавших его судить, назвав их Анною и Каиафою, а царских послов, которые к нему были посланы, чтобы вызвать его на суд, назвал Пилатом и Иродом.
4. Никон написал личные письма патриархам, в которых писал про царя Алексея , что царь «латиномудренник, мучитель и обидник, Иеровоам и Озия» и то, что Российская церковь в латинские догматы впала, больше всего обвиняя в этом Паисия Лигарида.
5. Никон без соборного рассмотрения сам лично лишил епископа Павла Коломенского сана, свирепея, стащил с Павла мантию, и того «в язвы и наказания предаде тяжчашие», отчего Павел лишился ума и бедный погиб: или был растерзан зверями, или в реку упал и погиб.
6. Своего духовного отца Никон два года немилостиво бил и ему наносил язвы, после чего патриархи сами видели духовника Никона «всеконечно расслабленным».
За эти преступления Никон был извержен из священства: не только патриаршего достоинства, но из епископского сана и стал простым монахом.
Монах Никон после соборного суда и извержения был сослан в Ферапонтов Белозерский монастырь; после смерти Алексея Михайловича был переведён под более строгий надзор в Кирилло-Белозерский монастырь.